Met de inval van de Fransen in 1672 werd het beleid van de overheid soepeler. Dat leidde ertoe dat de katholieken in Mierlo aan de Marktstraat een kerk mochten bouwen.
Zo’n gebouw mocht er van buiten niet uitzien als een kerk. Het leek dan ook meer op een schuur dan op een kerk, vandaar de naam ‘schuurkerk’. Ook mocht de pastoor weer een eigen woning hebben.
Toch waren er af en toe kleine spanningen. Zo deed de dominee zijn beklag bij het bestuur over jongeren die zijn kerkdienst hadden verstoord door stenen tegen het kerk-dak te gooien. Bij een andere gelegenheid had iemand bij de poort van de tuin van de dominee zijn grote behoefte gedaan.
In 1795 werd de Bataafse Republiek uitgeroepen met als resultaat vrijheid van godsdienst, ook voor de katholieken. Toen vervolgens in 1798 de Staatsregeling aangenomen werd, kon in de plaatsen waar de katholieken het grootste kerkgenootschap vormden, onderhandeld worden over de teruggave van de kerken. In Mierlo vormden de katholieken de grootste geloofsgemeenschap; nog geen 2% van de bevolking was protestants. Zoals in veel andere plaatsen leidden ook in Mierlo de onderhandelingen over de teruggave van de kerk tot problemen. Het duurde jaren voor men het eens werd over het bedrag dat de katholieken aan de protestanten moesten geven. Uiteindelijk bepaalde koning Lodewijk Napoleon in 1806 dat de katholieken van Mierlo een subsidie van 6.000 gulden (in 2022 is dat ruim € 45.000) moesten betalen aan de protestanten voor de bouw van een nieuwe kerk.
Vervolgens ontstond er binnen de Mierlose bevolking discussie over welke kerk voor de katholieke eredienst behouden zou blijven. De parochianen in ´t Hout, Marktstraat en omgeving gaven de voorkeur aan de schuurkerk. De parochianen woonachtig op de Overakker en ´t Spitje pleitten voor een eerherstel van de oude kerk. Uiteindelijk moest er een volkstelling gehouden worden. Het merendeel van de Mierlonaren gaf de voorkeur aan de oude kerk.
In 1818 liet de pastoor eerst de oude kerk schoonmaken alvorens het gebouw weer in gebruik te nemen. De protestanten hadden namelijk vooral het priesterkoor gebruikt en de rest van de kerk verwaarloosd. De schuurkerk werd gesloten en in hetzelfde jaar nog gesloopt.
In 1812 bouwden de protestanten naast het raadhuis in Mierlo een protestantse kerk en pastorie (nu Dorpsstraat 140).
Dit geeft meteen aan waarom het paadje tussen de kapel en het oude raadhuis het protestants paadje genoemd werd.
Inmiddels waren de afzonderlijke protestantengemeenten in Mierlo, Geldrop, Nuenen en Stiphout één protestantse gemeente geworden. Omdat Nuenen steeds meer protestanten telde en het aantal protestanten in Mierlo steeds meer afnam, besloot men om de kerk annex pastorie in Mierlo in 1821 te verkopen en van de opbrengst een nieuwe kerk in Nuenen te bouwen. Vervolgens werd in het verlaten pand in Mierlo een brouwerij gevestigd. Tegenwoordig is het een woonhuis/speelgoedwinkel.
